==باقریه==:پیروان محمد باقر خندق آبادی که ابتدا نماینده محمد کریم در همدان بود.مکتب شیخیه باقریه، آل محمد را واسطه فیض خدا در آفرینش جهان میداند و معتقدند که ائمه اطهار نه آنکه محل مشیت خدا باشد بلکه عین اراده و مشیت او هستند و دلیل این امر را معصوم بودن اهل بیت میدانند.این دیدگاه یکی از عوامل غلوآمیز دانستن شیخیه و تکفیر آنها دانسته شده است.

==شیخیه کرمان: ==حاج محمد کریم خان قاجار که از شاگردان سید کاظم و مدعی جانشینی او بود، شیخیه کرمانیه را تاسیس نمود.کرمانی ها از شیوه اخبار گری پیروی می‌کنند و به تقلید از مراجع اعتقاد ندارند.این فرقه به نام کریمخانه نیز شناخته میشود.شیخیه کرمانیه از مهم ترین منتقدان بابیت و بهائیت بودند.  ==شیخیه آذربایجان ==در آدربایجان نیز علمای بزرگی به تبلیغ و ترویج آرای شیخ احسایی کردند. شیخیه آذربایجان بر خلاف شیخیه کرمان، به اجتهاد و تقلید معتقدند و از مراجع تقلید خودشان پیروی می‌کنند.شیخیه آذربایجان بر خلاف شیخیه کرمان، به شدت منکر اعتقاد به رکن رابع هستند و اصول دین را پنج اصل توحید و نبوت و امامت و معاد و عدل میدانند و استدلال می‌کنند که شیخ احمد و سید کاظم هیچ کدام در کتاب های خود نامی از رکن رابع نبرده اند. شیخیه آذربایجان به سه طایفه تقسیم میشوند:1- حجه الاسلام: بزرگ این خاندان، میرزا محمد مامقانی معروف به حجه الاسلام است که نخستین عالم و مجتهد شیخی آذربایجان است. او مدتی شاگرد شیخ احمد بود و از او اجازه اجتهاد و روایت دریافت کرد و نماینده وی در تبریز بود.2- ثقة الاسلام: بزرگ این خاندان، میرزا شفیع تبریزی معروف به ثقة الاسلام است. فرزند او میرزا موسی ثقة الاسلام از علمای شیخیه تبریز بود. میرزا علی معروف به ثقة الاسلام دومر یا شهید نیز از همین خانواده است. او در سال ۱۳۳۰ ق به جرم مشروطه خواهی و مبارزه با روسها،به دست روس های اشغالگر در تبریز به دار آویخته شد.3- خاندان احقاقی: بزرگ این خاندان، میرزا محمد باقر اسکوی است که از مراجع فقه و دارای رساله علمیه بود.فرزند او ، میرزا موسی احقاقی که از مراجع بزرگ شیخیه بود، کتابی ب نام احقاق الحق نوشت که در آن برخی آرای شیخیه کرمان و محمد کریم خان مورد انتقاد قرار گرفته است. مرکز این گروه کشور کویت است و ریاست آن را میرزا حسن احقاقی به عهده دارد که مرجع فقهی شیخیه آذربایجان و اسکو میباشد.