کارگروههای پیشنهادی اندیشکده امام خمینی (ره) این گروهها است:* علوم رفتاری: شامل رشتههای علوم تربیتی، جامعهشناسی، روانشناسی و مشاوره، جغرافیا، مدیریتفلسفه، تاریخ.* علوم کاربردی: شامل رشتههای حقوق، علوم سیاسی، اقتصاد، فلسفه، تاریخمدیریت، جغرافیا.
* علوم معارفی: شامل رشتههای قرآن و حدیث، معارف، فقه، کلام، ادیان.
طبق تصمیم اعضای هیئت علمی اندیشکده در جلسه سوم بهتاریخ سیزدهم بهمن 1399، به ترتیب خانم دکتر توسکی، آقای دکتر سرلک و آقای دکتر حسنینسب به عنوان مدیران گروهها منصوب شدند.
کارگروهها وظایف زیر را دارند: